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Microb Cell Fact | 遵义医科大学冯昆团队揭示无柄灵芝培养物产生灵芝酸的机制

发布时间：2024-07-25

三萜类化合物已界面显示出大面积的生物技术亲水性，属于抗肉瘤和抗虫毒效用。一般而言，三萜是采用甲羟戊酸经过合出的，并从先天绿植和病菌中分离出来。遵义医科大学冯昆团队在Microb Cell Fact（IF=6.4）上展现了一篇“Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile”的探究参考文献。该探究发展三萜类化学物质虫草粉酸（GA）是依据液态体提升的无柄虫草粉菌丝体中二萜15,16-二氢丹参酮I（DHT）的海洋生物制品转变形成的。按照转录组和淀粉酶质组学技木工艺进一次生命的进化无柄虫草菌丝体中DHT形成两个虫草酸（GA）的系统，并会按照多个学技木工艺检测工具到的文化距离dna和文化距离淀粉酶，推断DHT 海洋生物制品合出 GA 的有效途径。拜谱生物提供了转录组测序和TMT定量蛋白质组学技术，为研究二萜生物转化为三萜提供了丰富的组学信息和候选基因。

文章名称：Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile（Microb Cell Fact，IF=6.4，2023.7）

客户单位：遵义医科大学

研究材料：无柄灵芝真菌菌丝体

拜谱提供技术：转录组测序、TMT定量蛋白质组学

研究结果

1.转录类物质析和功能模块类别

依据对无柄野生灵芝真菌孢子菌丝体展开转录组测序共拥有67230个转录本和142915个单染色体。在这部分单染色体中，49俩个被监定为的差异表现染色体（DEGs），各举213个表现上涨，279个表现上涨（图1A）。GO聚集数据研究分析后，DEGs划分微生物全具体步骤（BP）、生殖内部成份（CC）和氧分子工作（MF）3类。在BP行业门类中，存在了前3个子行业门类：抗菌药研究分析分解全具体步骤，醋酸钠盐分解全具体步骤和甲酸盐分解全具体步骤;而在CC行业门类中，生殖内部外区、突触混合体、突触空间结构是前3个亚类。相对 MF行业门类，甲酸脱氢酶（NAD）特异性、腐蚀备份酶特异性和酸氨（或酰胺）连结酶特异性是前3个亚行业门类（图1B）。在DEGs的KEGG通道数据研究分析中，前30条聚集度很高的通道含有27条包括分解，各举丁烷分解、乙醛酸盐和二羧酸盐分解、丙酸盐分解讯号通道不错聚集（图1D）。

图1|转录混合物析和作用划分类别

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

2. 蛋白质组定量分析和功能分类

能够对无柄虫草病菌菌丝体采取淀粉酶酶质组学解析一下，共有知道了16,457种独有肽、2606种淀粉酶酶质和2588种化学发光法淀粉酶酶质。在域值|FC|>1.2和p<0.05的筛分因素下，来到2606种淀粉酶酶质中，94种被鉴定会为性别差距描述淀粉酶酶（DEPs），在当中52种调整，42种下降（图2A），图2C表示了性别差距描述淀粉酶酶的聚类算法解析一下热图。从GO解析一下看到，BP行业类别表示，基本数DEPs参与者乙酸盐消化吸收的过程中中、抗生素类转化消化吸收的过程中中和药物治疗转化消化吸收的过程中中。CC类DEPs在上皮細胞外区、过硫化物酶体和微体中总额高，硫化重现酶几丁质酶氧和甲酸脱氢酶（NAD）几丁质酶氧在MF类中DEPs的身材比例高（图2B）。与转录组结论似的，KEGG表现环路解析一下表示，诸多DEPs在消化吸收中聚集，在当中3条最聚集的经由是光合海洋海洋生物中的碳放置、碳消化吸收和MAPK表现表现环路（图2D）。再者，能够解析一下GO数据资料库的CC对DEPs采取亚上皮細胞地段定位解析一下和注脚（图2E），DEPs通常分布点在上皮細胞质（40.66%）、上皮細胞膜（17.58%）、线粒体（12.09%）和内质网（8.79%），理论与实践上是GAs海洋海洋生物结合的通常地段。

图2|营养素质组的定量深入分析深入分析和职能校验

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

3.转录组和蛋白质组数据相关性分析，RT-qPCR验证

为业物导出和比对组得票率DEGs和DEPs拍摄了维恩图，有20个文化差异表答DNA（图3A）。对转录组和血清质组中E组和C组共要的DEGs/DEPs开始聚类了解了解，显示mRNA和血清质两者有17个调涨DNA和7个变动DNA，DEGs和其翻译资料的DEPs表答平行呈正有关于，为Pearson的有关于比率了解，在转录组和血清质组两者验测到对较高的有关于性（R = 0.87）（图3C）。实时荧光定量PCR（RT-qPCR）检侧结杲表明，E组和C组14个DEGs的描述层次差别的偏态，中仅9个为上浮DEGs，两个为变动DEGs（图3D）。DEGs在RT-qPCR中的描述趋势分析与转录多组分析结杲同一。

图3|淀粉酶质组的参考值定性分析和特点验正

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

拜谱小结

综上所述，该研究结果为真菌对天然产物的生物转化提供了新的见解，这将有助于开发更有效、更经济的方法，以方便的方式获得稀有的三萜。拜谱生物提供了转录组测序、TMT定量蛋白质组学转录组学技术，拜谱生物可提供完善成熟的转录组学、蛋白组学、代谢组学以及多组学联合产品技术服务体系。此外，拜谱生物推出的中药代谢组整体解决方案，基于更丰富、更专业的中药数据库，更高的数据质量、更优质的服务，可进行中药成分分析、中药入血/组织分析、网络药理学等分析，助力客户探索中药前言研究，欢迎致电咨询！

参考文献：Wang X, Wu H, Wong KH, Wang Y, Chen B, Feng K. Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile. Microb Cell Fact. 2023 Jul 28;22(1):139. doi: 10.1186/s12934-023-02156-5.

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