在人类细胞中，DNA充满了组蛋白、RNA和染色质相关蛋白，形成粘性凝胶。在任何给定时刻，只有蛋白质组的一个子集可以结合DNA并组织其结构、转录、复制、修复和其他基本分子功能。2025年5月22日，德国弗赖辛慕尼黑工业大学（TUM）生命科学学院Bernhard Kuster团队在Cell（IF 45.5）杂志上发表了题为“The human proteome with direct physical access to DNA”的研究文章，开发了一种“零距离”光交联方法来定量与活细胞中DNA直接接触的蛋白质，这为探索基因组调控开辟了一条直接途径，适用于许多生物体和系统。

探究最终结果

1、从光敏塑造培养血细胞中分离出DNA化学交联球脂肪酸

从而剥离光化学交连血清质-DNA塑料物中用LC-MS阐述，编辑搭建了一大种性质发生变化纯化规划，可从DNA中去就算化学交连血清质，仅在阳光照射时借助间接人类基因组触及聚集DNA化学交连血清质。用TRIZOL截取染色的质并弄掉执行死刑获的非化学交连血清，接下来将其二次可溶性高，溶于水的以开展RNase肠蠕动不良。借助多普勒彩超切面所得的血清质化学交连DNA的截取物，在硫氰酸胍中烧沸性质发生变化，并在二阳极氧化硅抽滤柱上急促洗衣机清洗以去就算化学交连血清质难寻进行。借助核酸酶治理 从DNA中放出光化学交连血清，并开展胰血清酶肠蠕动不良中用LC-MS阐述。该最简单的方法命名规则为血清质化学交连DNA截取或XDNAX。

图1.淀粉酶质交连DNA分离出或XDNAX的步骤（图源：Trendel, et al., Cell 2025）

2、可随便遇到DNA的蛋白酶质图谱

将光热塑方式 APP于MCF7細胞，发觉了1,805种获选淀粉酶酶，当中1,191种产生于3个或一些次连续中。60%的DNA之间功用组会有核酸融合的GO参考文献标注，在欠缺核酸融合参考文献标注的淀粉酶酶质中，较大的贡献率产于核纤层淀粉酶酶，第二步是积极参与固色质策划 和細胞裂开的淀粉酶酶质（图2）。

图2 . 可同时使用 DNA 的膳食纤维质（改自：Trendel, et al., Cell 2025）

图3小结了DNA完美的的作用组所蕴涵的血清质-DNA用户界面以至于主要包括的核苷酸热塑肽。这主要包括伴随（1）球状DNA联系机构域、（2）DNA 联系无序性区（IDR）和（3）伴随与一些血清质（如组血清联系血清）、RNA（如剪接细胞）或相溶合区室（如核仁血清）完美的的作用而促使的条件相似。

图3 . 可马上使用 DNA的组成域（改自：Trendel, et al., Cell 2025）

3、降钙素原检测肿瘤细胞扰动前三天与DNA根据的转录细胞因子

雌缴素多巴胺受体α（ESR1）驻落在胞质溶胶中，等到撞见其配体，驱散易位到肿瘤癌内部，在在那它与人类基因组中的相应区域划分通过以启用相应的转录程序流程图。将血清饥饿的MCF7肿瘤癌内部曝光于高用药量雌缴素（10 nM 17β-雌二醇）4五一分钟，与养成清理的相较特别肿瘤癌内部特别这句话的DNA间接影响组（图4A）。至少，雌缴素敏感后DNA间接影响组中的ESR1增强了30倍（图4B）。总的认为，在1,814个按量的淀粉酶质-DNA间接影响中，约有9%屏幕上显示出超过了2倍的偏态转化，并关察到与ESR1具备间接影响的淀粉酶如POLR2A和SMARCA4等（图4B-C）。

图4 雌缴素工作乳线癌症膜 DNA 互相帮助组的酶联免疫法较（图源：Trendel, et al., Cell 2025）

个人总结

探讨进入到遗传基因组组的蛋清质以了解清楚它是是怎样的被显示并付诸应用的，向来是科学人一经常性的寻求。遗传基因组组可及性最主要的以DNA为机构的方向角用到探讨，而是，到迄今结束结束，染色的质凝胶的反应中的有哪些蛋清质与DNA 發生物理防御主动反应尚不了解清楚。用到零离光化学交联，可会发现DNA主动反应组中的大部分数蛋清质，XDNAX技能将是 蛋清质-DNA主动反应探讨的強大道具。

拜谱总结

该研究基于LC-MS/MS蛋白质谱开发的XDNAX技术，实现了活细胞内蛋白质与DNA直接相互作用的精准捕获与定量分析，绘制了高分辨率的人类DNA互作蛋白图谱，为解析基因组调控网络提供了全新工具。拜谱生物作为一家国内领先的多组学服务公司，可提供完善成熟的球营养素组学、掩盖组学、分解组学、转录组学等多组学产品技术服务体系，整合多组学数据进行深入挖掘分析，全面解析机制机理等，助力高分文章发表。欢迎咨询！

对比文献综述：

Trendel J, Trendel S, Sha S, Greulich F, Goll S, Wudy SI, Kleigrewe K, Kubicek S, Uhlenhaut NH, Kuster B. The human proteome with direct physical access to DNA. Cell. 2025 May 14:S0092-8674(25)00507-0. doi: 10.1016/j.cell.2025.04.037.